Aun así, logró clasificarse para disputar otro año más la Liga Europa gracias al puesto obtenido por llegar a la final de Copa. Con Heynckes el equipo dio muestras de mejora y en la campaña 1993-94 se clasificó para la Copa de la UEFA después de lograr el quinto puesto en la Liga. En la recta final de la temporada el equipo tuvo opciones de luchar por un puesto de Europa League, pero los malos resultados en partidos clave echaron por tierra cualquier posibilidad, y finalmente concluyeron la liga en decimoprimera posición con 51 puntos. Esto le sirvió para quedar séptimo con 55 puntos y, gracias a ello, clasificarse para la próxima Liga Europa. En marzo, el técnico serbio fue cesado y Amorrortu volvió a hacerse cargo del equipo, que cosechó la peor clasificación de su historia en liga hasta ese momento al acabar en decimoquinta posición. Su primer encuentro como titular llegó la semana siguiente, en la fecha contra el Lorient, Areola jugó los primeros 61 minutos del encuentro y fue sustituido por Ronan Le Crom. Por otra parte, la negativa del club de prolongar la ficha de Fernando Amorebieta, quien pedía un salario excepcionalmente alto, llevó a la irrupción en el once titular del canterano Aymeric Laporte.
Primera Nacional de España, tercera categoría del ámbito estatal, y objetivo principal del equipo en la temporada. Esta temporada supuso la despedida de Andoni Iraola, quien abandonó el club después de doce temporadas en el primer equipo y 510 partidos oficiales disputados. Estas dos temporadas son recordadas por los aficionados como el «bienio negro». Para la temporada 1995-96 volvió a fichar a otra joven promesa del equipo donostiarra, en este caso Joseba Etxeberria, y puso como entrenador a Dragoslav Stephanovich. En esa época comenzó a sobresalir una joven promesa de la cantera, Julen Guerrero, que se convirtió en un ícono del club y en un ídolo para la afición. Copa del Rey, donde cayó frente al Real Zaragoza. 1963-64 Real Madrid C. F. C. F. Barcelona Real Betis Balompié Cuarto trofeo en propiedad otorgado. En la Copa el Athletic eliminó al F. C. Barcelona en octavos de final y al Real Madrid en cuartos, ambos encuentros disputados en San Mamés, pero no fue capaz de superar la semifinal contra el Valencia C. F. A final de temporada se convocaron nuevas elecciones a la presidencia del club y el entrenador Marcelino anunció que no seguiría en el Athletic. Esgueira 74-95 Caja San Fernando.
Antes de eso, el presidente Fernando Lamikiz había dimitido tras la fuerte pitada que recibió al término de un partido de Liga. La siguiente temporada se logró un éxito todavía mayor al conquistar su primera Liga, la Liga de 1942 el 22 de marzo en la antepenúltima jornada del campeonato. Durante la campaña los rojiblancos lograron alcanzar por segunda vez consecutiva la final de la Copa del Rey, que nuevamente le tocó disputar contra el equipo catalán. En la siguiente campaña 2021-22 los bilbaínos estuvieron luchando por un plaza en la recién creada Liga Conferencia de la UEFA hasta la última jornada, pero finalmente fue el Villarreal C. F. quien se quedó con la plaza europea y los rojiblancos acabaron la liga octavos con 55 puntos, mejorando considerablemente los registros anteriores. Esa temporada el Athletic se proclamó subcampeón de Liga y se clasificó para jugar, por primera vez, en la nueva Liga de Campeones de la UEFA, competición que fue estrenada en la campaña 1992-93 en sustitución de la antigua Copa de Europa (en la que ya había participado en tres ocasiones). Surgido del Flamengo, fue campeón y subcampeón del mundo con la selección brasileña en las copas mundiales de fútbol de Estados Unidos 1994 y de Francia 1998, respectivamente.
Existen diferentes hipótesis sobre el momento en el que tuvieron lugar las migraciones y la procedencia de los celtas que colonizaron la península ibérica, básicamente se resumen en tres. «No es momento para dejar tirado al equipo. Tras caer derrotado por 3-1 en el Velodrome, la afición se volcó con el equipo para intentar la remontada en San Mamés. Spartak Moscú. Momentos antes de iniciarse el partido de ida en San Mamés, hubo disturbios entre la afición local y la del Spartak que se saldaron con la muerte de un ertzaina (policía autonómica), quien sufrió un infarto mientras participaba en el operativo de seguridad desplegado en los alrededores de San Mamés. El equipo fue eliminado muy pronto tanto de la Liga Europa, donde cayó en la fase de grupos, como de la Copa del Rey, donde no logró pasar ni la primera eliminatoria. De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición, lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo, el Kuko Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, tras la marcha de Ernesto Valverde al F. C. Barcelona. UEFA como uno de los mejores de la historia.
