El equipo continuaría en Tercera División hasta la nefasta temporada 2003-04 en la que finalizó colista descendiendo a Primera División Andaluza donde permanecería dos temporadas, regresando al Grupo IX de Tercera tras quedar subcampeón de grupo tras el Vélez CF en 2006. En la temporada del retorno el equipo del Maulí finalizó 8.º. En la temporada 2016-17 obtuvo un magnífico 2.º puesto tras el Atlético Malagueño, consiguiendo así un puesto en la Copa del Rey para la próxima temporada, camisetas arsenal y así fue el 30 de agosto de 2017 jugó la primera ronda de la Copa del Rey 2017-18 en su campo «El Maulí» ganando 2-0 al Arcos C. F. y pasando a la siguiente ronda que se jugaría unos días después en Talavera de la Reina cayendo derrotado ante el club de esta ciudad por un 3-1 y finalizándose así su etapa en esa edición de la camiseta man united Copa del Rey.
